Ao que tudo indica, o topónimo Coja (“Côja”) terá origem romana, significando “cidade do Pretor”, magistrado romano, certamente seu proprietário ou senhor. Sendo Coja a terra do Pretor, seria então de enorme importância, como que a capital da região. Talvez por isso, o cargo de pretor manteve-se durante o domínio árabe, tomando o nome de Copje, o qual originou Coja.

O facto de se estabelecerem nesta área levou a que tomassem posições de defesa ao longo do Rio Alva.
O Castro Cojia e o Castelo de Coja, este ultimo situado num pequeno morro entre o Rio Alva e a ribeira de Mata, são exemplos das fortificações que se ergueram na região. O Castelo data, pelo menos, da époda da rainha D. Teresa, que o trocou, com D. Fernando Peres de Trava, pelo Castelo de Santa Olaia e por Soure, conforme carta de 3 de Novembro de 1122. Desta forma, o senhorio de Coja pasou a pertencer aquele senhor que, ainda no mesmo ano, o doou à Sé de Coimbra.
A partir desta data, os Bispos de Coimbra ficaram com o título de “Senhores de Coja”.

O primeiro foral de Coja foi concedido pelo Bispo D. Egas Fafes. Na mesma data, em 1514, Coja recebeu o foral D. Manuelino, com Juiz de Fora, facto que lhe veio atestar uma certa prosperidade.

Foi vila e sede de concelho entre 1260 e 1853, o concelho de Coja perdeu a sua autonomia e foi anexado ao concelho de Arganil.

Em 2014, com a reforma administrativa, a freguesia de Coja uniu-se à Freguesia do Barril de Alva, formando a maior freguesia do concelho de Arganil, a União de Freguesias de Coja e Baril de Alva.

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